水母身体的主要成分是水，并由内外两胚层所组成，两层间有一个很厚的中胶层，不但透明，而且有漂浮作用。它们在运动时，利用体内喷水反射前进，远远望去，就像一顶顶圆伞在水中迅速漂游；有些水母的伞状体还带有各色花纹，在蓝色的海洋里，这些游动着的色彩各异的水母显得十分美丽。

有些水母不单颜色多变，而且还会在水中发光，有些闪耀着微弱的淡绿色或蓝紫色光芒，有的还带有彩虹般的光晕，当它们在海中游动时，就变成了一个光彩夺目的彩球。水母发光靠的是一种叫埃奎明的奇妙的蛋白质，这种蛋白质和钙离子混合时，就会发出强蓝光。埃奎明的量在水母体内越多，发的光就越强，每只水母平均只含有50微克。

钵水母纲的水母体体型较大，伞缘直径一般在2-40厘米之间，个别大的种直径可达1-2米，例如一种霞水母。伞呈圆盘形，如海月水母，或呈锥形、半圆形、蝶形等因种而异。由于体内的生殖腺或其他胃囊等结构具有色泽，而使身体在透明中出现局部的粉红色、桔红色等。

口腕具捕食的功能，取食时微小的食物可沿口腕沟进入海月水母中，根口水母类口腕愈合，垂唇末端的口封闭，而形成许多新的细小的吸口，用以吸食。一般在触手、垂唇、口腕及伞的外表面分布有刺细胞。一些种类的下伞面生殖腺区向内凹陷形成生殖下窝（subgenitalpit），其功能不详，可能与动物的呼吸有关。