控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
真空管内的水垢会影响加热效率，水垢越厚加热越慢，所以会有太阳能热水器使用时间越长，加热越慢的现象。清洗以后水垢消除，加热时间缩短，节省电费。水垢会占用水箱容积，水垢厚了，能储存的热水量就少了。去除水垢，水箱的热水储存量就能越来越多。
变频共振除垢法：变频除垢器能自动产生一种变频化的电信号，作用于太阳热水器系统的进水管上，引起管道内水分子产生共振，使氢键结合的水分子团变成单个的极性分子，因而提高水的活性。极微小的水分子可以渗透、包围、溶解、去除热水器系统内的老垢，同时使悬浮在水中的钙离子和碳酸根离子相互碰撞，形成其表面无电荷的纹石碳酸钙晶体，不能吸附在管道上，从而达到除垢、防垢的目的。
声学除垢法：声学除垢技术是在太阳能热水系统的设备内部激发和维持声频震荡，同时将声波传递给水介质进行除垢。超声波（1200～2500HZ）能使管道及设备的旧积垢逐渐剥落，并使硬度盐在水中结晶、并生成无粘性的粉末沉淀。