物流运输方式根据运输工具的不同可分为多种方式,不同的运输方式适合不同的货物，常见的方式有海洋运输、铁路运输、航空运输、公路运输、管道运输、集装箱运输、国际多式联运等。
公路运输：
这是主要使用气车，也使用其它车辆(如人、畜力车)在公路上进行货客运输的一种方式。公路运输主要承担近距离、小批量的货运和水运、铁路运输难以到达地区的长途、大批量货运及铁路、水运优势难以发挥的短途运输。由于公路运输有很强灵活性，近年来，在有铁路、水运的地区，较长途的大批量物流运输也开始使用公路运输。
水运：
这是使用船舶运送客货的一种运输方式。
水运主要承扭大数量、长距离的物流运输，是在干线运输中起主力作用的运输形式。在内河及沿海，水运也常做为小型运输工具使用，担任补充及衔接大批量干线运输的任务。
水运的主要优点是成本低，能进行低成本、大批量、远距离的运输。但是水运也有显而易见的缺点，主要是运输速度慢，受港口、水位、季节、气候影响较大，因而一年中中断运输的时间较长。
铁路运输具有低成本、速度快、运量大、可靠、连续性强和风云无阻等多种优势，货运专线特别适合大型笨重物品的集散和输送。由于货运的主要特点是以载重为先、速度为次，而客运的主要特征是以速度为先、载量为次，为了不干扰运输效率，大型物流公司、化工能源矿区和国家粮食仓库等都必须建设相应的货运专线。
建设货运专线的目的是为了节约成本，但要建立在货量充足的前提下，不然就会亏本，所以专线公司一般走的时间不确定，货满车走，客户的运输成本也会随之降低。
货运专线优缺点：物流专线的益处是运输成本较低，不益处是走到时间不能确定，不能满足较急的货物。