履约保证金的结算包括返还、抵扣或没收等问题。一般来说，履约保证金在中标人履行合同后应予返还，但实践中，招标人与中标人通常会约定根据工程进展程度分阶段返还或在工程竣工后一次性返还，有的还规定以抵扣或没收履约保证金作为承担违约责任的方式之一。笔者认为，合同和法律没有规定的，不得抵扣或没收。对于抵扣或没收情形应限制在施工单位在施工工期、质量或者等违反合同约定应承担违约责任等范围内。在当事人既约定了履约保证金又约定违约责任条款的情况下，依照合同法百一十六条规定：“当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，双方可以选择适用违约金或者定金条款。”以及百零七条的规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”履约保证金作为中标人承担违约责任的担保，如果中标人没有及时承担违约责任，履约保证金可作为招标人损失的弥补；如果中标人承担了相关责任，则招标人应在合同责任解除后退还全部的履约保证金。
与定金的区别。定金是合同双方为保证债务的履行，约定由当事人一方在合同成立时或合同履行前先行支付给对方一定数额的货币作为担保。合同法百一十五条规定，给付定金的一方不履行约定的债务的，无权要求返还定金；收受定金的一方不履行约定的债务的，应当双倍返还定金。《招标投标办法》第五十九条款规定：“招标人不履行与中标人订立的合同的，应当双倍返还中标人的履约保证金；给中标人造成的损失超过返还的履约保证金的，还应当对超过部分予以赔偿；没有提交履约保证金的，应当对中标人的损失承担赔偿责任。”以现金形式交纳的履约保证金与定金的性质相似，可否视为定金？对此，笔者认为，判断的标准有两条：一是双方当事人是否在合同中明确约定履约保证金的定金性质；二是履约保证金是否适用双倍返还的定金罚则。因为，根据人民法院《关于适用担保法若干问题的解释》第118条规定，当事人交付留置金、担保金、保证金、订约金、押金或者订金等，但没有约定定金性质，当事人主张定金权利的，人民法院不予支持。在符合上述标准的情况下，以现金形式交纳的履约保证金可视为定金。
解决甲方要求保证金问题。保函替代保证金节约现金流。保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书，其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
商业履约保函：合同电子版或框架合同等，仅收担保费，免保证金，出函时间2-3天。
商业预付款保函：合同电子版或框架合同等，仅收担保费，免保证金，出函时间2-3天。
商业质量保函：合同电子版或框架合同等，仅收担保费，免保证金，出函时间2-3天。
商业农民工工资支付保函：合同电子版或框架合同等，仅收担保费，免保证金，出函时间2-3天。