三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
三格的比例：
池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。
化粪池有效深度为1000mm，多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
化粪池清理要求（1）粪便转运站(场、码头)设施应完好、整洁。转运的粪污水应密闭贮存于贮粪池内。贮粪池应符合防渗漏、防臭气扩散和防蝇的要求，并设置防火、防爆设施。
（2）贮粪池内的粪便应及时转运，不得外溢。
（3）输粪管道应完好、畅通，闸阀应严密，无破损、滴漏。
（4）转运作业时，粪便不得污染水体和作业场地。冲洗作业场地的污水应经适当处理，排入污水管网或收集池，不得直接排入附近水体。
（5） 将人力收集车的粪便转运到机动车时，应保持转运作业的紧密衔接，不得任意将粪罐、粪桶、手推粪车停放在主要道路上。
（6）卸粪时应谨慎操作，不得将粪便泼洒在卸粪口周围地面。作业结束，应及时清洗卸粪口及作业场地。
（7）粪便转运站(场、码头)应有灭蝇措施。在可视范围内，苍蝇不超过3只/次，无蛆，臭味不超过4级。
化粪池工作原理：
通常设计为三格化粪池，新鲜粪便由厕所管道进入池，池内粪便产生沼气开始发酵分解，因比重不同粪便可分为三层，上层为比较浓的粪渣垃圾，下层为块状或颗粒状粪渣，中层为比较清的粪液。在上层粪便和下层粪渣中含和寄生虫卵多，中层含虫卵少，初步发酵的中层粪液经过化粪管流到第二格池，第二格池内再化酵分解沉淀后溢流到第三格，第三格池再经过沉淀过滤后清水流到下水管道。