工程实行预付款的，合同双方应根据合同通用条款及价款结算办法的有关规定，在合同专用条款中约定并履行。
承包人应在签订合同或向发包人提供与预付款等额的预付款保函后向发包人提交预付款支付申请，发包人应在收到支付申请的7天内进行核实后向承包人发出预付款支付证书，并在签发支付证书后的7天内向承包人支付预付款。
它是施工准备和所需材料、结构件等流动资金的主要来源，国内习惯上又称为预付备料款。
工程预付款的扣回：
起扣点T=P-M/N， P为承包合同总合同额 M为工程预付款数额 N为主要材料和构件所占总价款的比重
预付款相当于建设单位给施工企业的无息贷款。
预付款与建筑材料供应方式相关联
a.包工包全部材料工程：预付备料款数额确定后，建设单位把备料款一次或分次付给施工企业
b.包工包地方材料工程：需要确定供料范围和备料比重，拨付适量备料款，双方及时结算
c.包工不包料的工程：建设单位不需预付备料款
预付款的有关事项，如数量、支付时间和方式、支付条件、偿还(扣还)方式等，应在施工合同条款中具体明确规定
施工企业从建设单位取得工程预付款属于企业筹资中的商业信用筹资
按公式计算起扣点和抵扣额
原则：当未完工程和未施工工程所需材料的价值相当于备料款数额时起扣。每次结算工程价款时，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
未完工程需主材总值=未完工程价值×主要材料比重=预付备料款
未完工程价值=预付备料款÷主要材料比重
起扣时已完工程价值=施工合同总值－未完工程价值
应扣还的预付备料款，按下列公式计算：
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次扣抵额= (累计已完工程价值－起扣时已完工程价值)×主材比重
以后每次扣抵额=每次完成工程价值×主材比重 例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
例：某工程合同价款为300万元，主要材料和结构件费用为合同价款的62.5%。
合同规定预付备料款为合同价款的25%。则：
预付备料款=300×25%=75万元
起扣点=300－75/62.5%=180万元
即：当累计结算工程价款为180万元时，应开始抵扣备料款。此时，未完工程价值为120万元
所需主要材料费为120×62.5%=75万元，与预付备料款相等
(2)按合同规定办法扣还备料款
例如：规定工程进度达到60%，开始抵扣备料款，扣回的比例是按每完成10%进度，扣预付备料款总额的25%
(3)工程后一次抵扣备料款
适合于造价低、工期短的简单工程
备料款在施工前一次拨付，施工过程中不分次抵扣。当备料款加已付工程款达到95%合同价款(即留5%尾款)之时，停止支付工程款
4.预付款的额度
工程预付款的额度不超过合同金额（扣除暂列金额）的30%。
银行保函包括履约保函、不上网保函、上网保函、预付款保函、投标保函、维修保函、预留金保函、税款保付反担保函、海关风险保证金保函等。
履约保函
是指应劳务方和承包人（申请人）的请求，向工程的业主方（受益人）所作出的一种履约保证承诺。倘若履约责任人日后未能按合约的规定按期、按质、按量地完成所承建的工程，以及未能履行合约项下的其他业务，银行将向业主方支付一笔不超过担保金额的款项。该款项通常相当于合约总金额5%-10%。